Jednym z możliwych sposobów finansowania wyrobów medycznych jest ich uwzględnienie w ramach pilotażu. Pilotaże co do zasady tworzone są przez Ministra Zdrowia w drodze rozporządzenia. Wyjątkiem od tej zasady może być utworzenie programu pilotażowego przez Prezesa Funduszu, jeżeli program dotyczy świadczeń gwarantowanych. Wówczas jego tworzenie następuje w drodze zarządzenia. Pilotaże mają na celu sprawdzenie nowych sposobów organizacji opieki zdrowotnej w ściśle określonym czasie ich trwania. W związku z tym istotne jest ustalenie prawidłowych wskaźników oceny wyników realizacji programu i sposobu ich oceny. W przypadku pozytywnego zakończenia pilotażu możliwe jest wprowadzenie zmian do obowiązujących przepisów w celu implementowania rozwiązań z pilotażu.
W rozporządzeniu ustalającym program pilotażowy określone są między innymi jego cel, okres realizacji, zakres i rodzaj świadczeń, których dotyczy program pilotażowy, warunki organizacji świadczeń oraz warunki ich realizacji, sposób rozliczania tych świadczeń, realizator programu pilotażowego albo tryb jego wyboru. Doprecyzowanie warunków realizacji świadczeń oraz określenie wzoru umowy dla realizatorów programu znajduje się natomiast w zarządzeniu Prezesa NFZ.
Przykładem może być program pilotażowy opieki nad świadczeniobiorcą w ramach sieci kardiologicznej. W jego zakresie możliwe jest finansowanie mi.in. wszczepienia układu resynchronizującego, defibrylatorów, czy kardiowerterów przez ustalenie odrębnych kwot zobowiązania, wraz ze wskazaniem liczby jednostek rozliczeniowych i ich cen w umowie o udzielanie świadczeń opieki zdrowotnej w systemie podstawowego szpitalnego
zabezpieczenia świadczeń opieki zdrowotnej lub leczenie szpitalne lub leczenie szpitalne - świadczenia wysokospecjalistyczne.